Медицинская организация обязана передавать сведения о медицинской документации и лечебном процессе в РЭМД ЕГИСЗ.
Данные СНИЛС по-прежнему обязательны для передачи данных, даже если пациент отказался от отправки документа в РЭМД.
Отказ пациента от передачи персонализированных данных (то есть от идентификации его личности в ЕГИСЗ) реализует право субъекта персональных данных, предусмотренное Федеральным законом от 27.07.2006 № 152-ФЗ «О персональных данных», и не освобождает медицинскую организацию от исполнения публично-правовой обязанности по передаче сведений о медицинской документации и лечебном процессе в обезличенном виде.
Обезличивание всех данных всех пациентов производит подсистема ЕГИСЗ.
Если пациент отказался от предоставления данных СНИЛС 
На данный момент нет способа получить данные СНИЛС, кроме как от самого пациента.
Если пациент отказывается от предоставления данных СНИЛС, в таком случае документ просто не отправляется в РЭМД и оформляется отказ в предоставлении персональных данных в ЕГИСЗ.
Подробнее об отказах пациента в МедЛоке читайте в статье Работа с отказами пациентов.
Если пациент против получения электронного медицинского документа (ЭМД) в личном кабинете ЕСИА
В настоящий момент отсутствует возможность сделать запрет на получение документов на ЕПГУ для конкретных пациентов. Доступность отображения документа на ЕПГУ настраивается на конкретные виды ЭМД в соответствии с распоряжениями Министерства здравоохранения.
Существует возможность пациенту самостоятельно отозвать согласие на получение ЭМД в личном кабинете на портале «Госуслуги», но в таком случае ему не будут приходить документы не только от Министерства здравоохранения, но и от остальных органов.